Sunt mai multe modalitati de formare a unei pesteri. Una este determinata de actiunea apei: aceasta penetreaza terenul si adesea este acida din cauza dioxidului de carbon continut in aer.

Aciditatea ii permite apei sa rarefieze calcarul si sa erodeze rocile. Astfel se creeaza mici galerii care se maresc la fiecare trecere a apei, pana se transforma in pesteri.

Acelasi rezultat poate fi obtinut de actiunea raurilor de lava incandescenta care curg sub pamant. Mai sunt si pesteri formate prin ciocnirea repetata a valurilor marii in recif si pesteri sapate de apa sub ghetari.